Научно-исследовательская лаборатория «Лаборатория анализа биомедицинских изображений и данных»

Проекты лаборатории: 

• NeuroDecon, TriDeFusion, FRT  – алгоритмы улучшения качества и разрешения микроскопических изображений, веб-сервис для работы с изображениями
• SpineTool – алгоритмы и ПО для анализа морфологии нейронов и синапсов, моделирования синаптических процессов
• NeuroactivityToolkit, BehaviorToolkit – модели ИИ для анализа нейрональной активности и поведения лабораторных животных
• NeuroRAG – LLM дообученная на базе знаний по нейробиологии с доступом в интернет
• CloudML-MAS – автоматизация работы с научными данными на основе мультиагентного подхода. Мультагенты для цифровой экосистемы клинических исследований. 

Имеющиеся оборудование:

• 6 компьютеров с мониторами, ОС Windows, 32гб оперативной памяти, видеокарты Nvidia RTX 4060, 3 компьютера с мониторами, видеокарты Nvidia RTX 4090, ОС Windows и Linux, файловое хранилище 48ТБ. 
• Микроскоп плоскостного освещения Alpha3 PhaseView
• Конфокальный сканирующий микроскоп ThorLabs
• Биохимическое оборудование на базе ЛМН. 
   

Публикации:

1.  D. S. Smirnova, E. I. Pchitskaya and V. S. Chukanov, "Application of Chord Length Histogram to Enhance the Accuracy of Pulmonary Nodule Recognition on Computed Tomograms," 2024 V International Conference on Neural Networks and Neurotechnologies (NeuroNT), Saint Petersburg, Russian Federation, 2024, pp. 96-100, doi: 10.1109/NeuroNT62606.2024.10585475. 
2. Zolin, Ivan & Chukanov, Viacheslav & Pchitskaya, Ekaterina. (2024). TriDeFusion: Enhanced denoising algorithm for 3D fluorescence microscopy images integrating modified Noise2Noise and Non-local means. 211-216. 10.1109/SIBIRCON63777.2024.10758532. 
3. Baev, Daniil & Gerasimov, Evgenii & Chukanov, Viacheslav & Pchitskaya, Ekaterina. (2024). Anomaly Detection Using Autoencoders for Miniscope Calcium Imaging Data Analysis. 224-226. 10.1109/SIBIRCON63777.2024.10758536. 
4. Ustinova, A., Volkova, E., Rakovskaya, A., Smirnova, D., Korovina, O., & Pchitskaya, E. (2024). Generate and analyze three-dimensional dendritic spine morphology datasets with spinetool software. Current Protocols, 4, e70061. doi: 10.1002/cpz1.70061
5. Gerasimov, E., Karasev, V., Umnov, S., Chukanov, V., & Pchitskaya, E. (2025). AI-Powered Mice Behavior Tracking and Its Application for Neuronal Manifold Analysis Based on Hippocampal Ensemble Activity in an Alzheimer’s Disease Mice Model. International Journal of Molecular Sciences, 26(15), 7180. https://doi.org/10.3390/ijms26157180
6. Sachuk, A., Volkova, E., Rakovskaya, A., Chukanov, V., & Pchitskaya, E. (2025). NeuroDecon: A Neural Network-Based Method for Three-Dimensional Deconvolution of Fluorescent Microscopic Images. International Journal of Molecular Sciences, 26(18), 8770. https://doi.org/10.3390/ijms26188770
7. George, P., Das, R. K., & Chowdhury, P. (2019). Facile microwave synthesis of Ca-BDC metal organic framework for adsorption and controlled release of Curcumin. Microporous and Mesoporous Materials, 281, 161–171. https://doi.org/10.1016/J.MICROMESO.2019.02.028